Setelah menjuarai di tingkat Provinsi DIY baik di AKSIOMA maupun KOmpetisi Sains Masdrasah (KSM), kontingen DIY meraih juara umum ketiga nasional, setelah Jawa Timur dan Jawa Barat. Raihan juara umum ketiga nasional ini termasuk hebat, mengingat jumlah kabupaten di DIY yang hanya sedikit maupun karena adanya madrasah unggul. Di Jawa Barat ada MAN Insan Cendekia (IC) Serpong dan Jawa Timur ada MAN 3 Malang.
Perhelatan nasional antar madrasah ini, diikuti oleh madrasah-madrasah se Indonesia, mulai dari tingkat MI/SD hingga MA/SMA. Kegiatan ini berlangsung dari tanggal 5-9 November 2013 di Malang Jawa Timur. Dari 14 kejuaraan yang diraih oelh kontingen DIY, sebanyak 7 (tujuh) siswa berasal dari MAYOGA (MAN Yogyakarta III) ikut menyumbangkan prestasi. Prestasi medali perak di KSM Fisika diraih oleh AHmad Wahrudin (XI IPA 2), dan Akbar Aditya (XI IPS 1) untuk KSM Ekonomi. Sedangkan perolehan perak yang lain diraih oleh Tim Band Mayoga.
