Sebelum dijadikan satu dalam wadah tersendiri dengan nama UPT Perpustakaan, masing-masing fakultas di UIN Sunan Kalijaga memiliki perpustakaan sendiri dengan koleksi pustaka sesuai dengan fakultas dan jurusan yang dimiliki. Namun setelah didirikannya UPT Perpustakaa, maka diputuskan untuk menyatukan semua perpustakaan itu serta koleksinya dalam UPT Perpustakaan. Perpustakaan merupakan unit pelaksana teknis yang bertugas menyediakan dan mendayagunakan bahan pustaka, melakukan pelayanan referensi, dan memelihara bahan pustaka dan melakukan tata usaha perpustkaan. UPT Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga secara teknis bertugas menyediakan dan mengolah bahan pustaka, memberikan layanan dan pendayagunaan bahan pustaka, dan melakukan pelayanan referensi untuk keperluan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Untuk info lebih lanjut silahkan silahkan hubungi WA 081229990064