Perpustakaan Ulil Albab MAN 3 Bantul luas 560 m2 yang terdiri dari ruang baca, ruang referensi, co-working space, ruang anak, ruang kepala perpustakaan, ruang pengolahan, ruang pelayanan, rak buku, ruang informasi, ruang konsultasi literasi. Suasana yang nyaman dan representative untuk belajar juga sebagai tempat rekreasi bagi pemustaka dengan tersedianya berbagai permainan yang dilengkapi dengan komputer dan free wifi. Jam pelayanan 5 hari kerja jam 06.45-16.00 WIB. Di luar ruang utama terdapat ruang multimedia dan taman literasi.